瞿麦苦寒，能清心热，利小肠、膀胱湿热。主要用于热淋、血淋，砂淋、尿血、小便不利等。常与译泻、滑石、木通、篇蓄、猪苓，茯苓等同用。
木品的特点是能入血分、清血热，故治血淋、尿血时常用。一般多与炒栀子、黄柏炭、海金沙、白茅根、灯心炭等同用。并有活血祛瘀的作用，配合当归、川芎、红花、桃仁，牛膝等，可用于治疗经闭、月经有紫黑块等。瞿的穗部利尿作用比茎部效果好，故用于利尿时常选用瞿麦穗。
据近代报导，本品治疗血吸虫病腹水有效。本品与篇蓄，石韦比较：篇蓄清利膀胱湿热为主，兼治黄疸，湿疹。石韦清肺与膀胱湿热为主，偏入气分，多用于湿热淋。本品清心与小肠、膀胱湿热为主，偏入血分，多用于血淋。
用量一般为一钱半至二钱。孕妇不宜用。