秦皮味苦微涩，性寒。主要有两大作用：
1．清热治痢：对于湿热痢疾（大便带脓血、里急后重、舌苔黄腻、口干不欲多饮，脉滑，夏秋之交为多），可用本晶配黄连、黄柏、白头翁、木香，槟榔，白芍、当归，厚朴，枳实，茯苓等同用。
2．清肝明目：肝经有热、上攻于目而致两目赤肿疼痛，目中发热，羞明怕日，眼生翳膜，迎风流泪等症，可用秦皮、滑石，黄连，各等分，研为细末，每次用五分，水煎数沸，俟温洗目（《证治准绳》秦皮散），或配合菊花，薄荷，桑叶、黄芩，木贼草、草决明等内服。
据近代研究报导，本品对风湿性关节炎、风湿性肌炎等疾病有效，可使风湿病患者尿中的尿酸量显著增加。白头翁治痢，偏于清热凉血。秦皮治痢偏于清热涩肠。用量一般一至三钱。