苍耳子性味甘温，有祛风、通窍、散结等作用。临床上常用于以下三种情况：
1．祛风湿；用于治疗风湿所致的周痹（全身疼痛），四肢拘挛，常配羌活、透骨草、威灵仙、苡米等同用。治风湿头庙也有良效。
2．通肺窍：用于治疗鼻塞不通，鼻炎，鼻窦炎，鼻流涕不止等，常配辛夷、白芷、细辛、川芎、菊花等同用。
3．治皮肤病：苍耳子有祛风止痒散结的作用，用丁治疗各种癣、疥、痒疹及麻风等。
另外，秋季采新鲜苍耳子，连茎带叶切碎，加水煮，取汁熬膏，摊于布上，贴肚脐及肉门处，可治小儿疳疾，肚大黄瘦，两目少神，消化不良等症，也可用此膏贴瘰疬，有消瘰疬、肿块（如淋巴结核等）的作用。
用量一般为二、三钱。本药有小毒，不宜使用太大量。