一、字体。统一使用简化字，不出现繁体字与异体字。
二、提要。置于正文之前。介绍作者与全书内容，注重其在理论与临床上的特点。
三、正文。按内容分段，并加标点符号。为便于分辨，属于眉批、夹注以及药物剂量、炮制方法用小号字排印。
四、校注。置于同页下方，按照正文所加序号依次分行排列。凡内容重要，且校勘有据者，选择采用本校、他校、理校等校勘方法。注释对象有二：一是注音。凡冷僻的难读字，采用拼音加直音的方法注音。二是释义。凡疑难词句，加以注释。校语与释文力求科学规范，简明扼要。凡明显错字或重复的内容，一律直接予以改正或删除，不再出注。
五、目录。为读者检阅方便起见，抄本原有目录的照录，补上序号；原目录与正文不一致者，则依照正文改正；原无目录的，依据正文补上序号与目录。
六
、案序。为醒目易检，凡医案类抄本，每一病证所录医案，均用阿拉伯数字编排序次。
七、禁用药物。抄本中有些药物现属国家禁止使用的动、植、矿物药材，为保持古籍抄本原貌，本书对此均不作删改，仅供参考。