三十六难曰：脏各有一耳，肾独有两者，何也？
然：肾两者，非皆肾也。其左者为肾。右者为命门。命门者，谓精神之所舍，原气之所系也；男子以藏精，女子以系胞。故知肾有二也。
肾有两枚，左右各一，一主水，一主火，应乎升降之机也。命门者，以其为三焦之根，十二经元气之海，藏精施化之具，系胞受孕之处，为人生命之原，故曰命门也。《灵枢‧根结篇》、《素问‧阴阳离合论》所谓太阳根起于至阴，结于命门。命门者，目也。此指太阳经终于睛明，睛明所夹之处为脑心，乃至命之穴，故曰命门，与此义不同。然实指右肾为命门，恐未尽是，以气脉论之，水升于左，火降于右，左右者，阴阳之道路，升降之枢机，越人诊脉独取寸口，以左尺候水，右尺候火，故左名肾，右名命门，其义或取乎此。
按：西医言肾形如豆，色紫质坚，颇类猪羊之肾，左右两枚，长约三寸，阔约寸半，厚约七八分，其重约三两至四两。人高肾大，人矮肾小，位在脊骨十二节间，周遭三焦脂膜包裹，肾中有油膜一条，贯于脊骨，名为肾系，下通网膜，又有气管由肺而下，附脊循行，下入肾系，而透入网膜，达于丹田下焦之原。夫两肾属水，中间肾系属火，即命门也。《素问‧刺禁论》云：七节之旁，中有小心者，即指命门言也。人与天地参，命门与太极相似，太极生两仪，两仪生四象，四象生八卦，八卦生六十四卦，自命门生两肾，两肾生六脏六腑，六脏六腑生四肢百骸之类。故人之交媾，未有精聚，先有火会，是火为先天之本始，水为天一之真元，肾中之火，名曰相火，即坎中龙雷之火也。是一阳陷于二阴之中，乃成乎离，而位乎坎，即两肾有命门之义也。命门乃三焦之根，为相火之宅，相火布于三焦，即由命门始也。陈无择谓有脂状如手大，正与膀胱相对，有白脉自中出，夹脊而上贯于脑者，亦指三焦肾系而言也。越人独取寸口诊候，此相火生脾土，命门寄夫右尺，故作左为肾，右为命门以解之，亦水升于左，火降于右之义也。